reverse charge - subappalto

chiedo lumi su una questione sollevata dall'appaltatore di lavori per la P.A. che ha subappaltato delle opere stipulando un cottimo con il subappaltatore.
Nel contratto principale è previsto che l'Amm.ne pagherà direttamente al subappaltatore.
E' stato contabilizzato uno stato avanzamento lavori comprensivo anche dei lavori eseguiti dsal subappaltatore.
Ora l'appaltatore afferma che:
il subappaltatore emette fattura per l'importo dei lavori eseguiti senza IVA (richiamando lreverse charge - Legge 248/2006 che integra l'art.17 del DPR 633/72)
l'appaltatore principale emette la fattura per la quota di lavori eseguiti con IVA.
La mia domanda è: chi si accolla l'IVA da applicare sulla quota di lavori fatturati dal subappaltatore?? Grazie per l'eventuale chiarimento.

la stazione appaltante per la quale l'imposta e' un costo