Liquidazione Certificato regolare esecuzione

Il caso riguarda il fatto che in fase di redazione di C.R.E. una delle ditte subappaltatrici risulta avere il DURC negativo in quanto si trova ad essere in stato di fallimento. La Ditta subappaltatrice al momento del termine dei lavori era sempre attiva, non risultava inadempiente e quindi è stata regolarmente pagata per l'importo stabilito dal subappalto.
Ad oggi devo presentare la Determina per L'approvazione del C.R.E. e relativa liquidazione delle ritenute dello 0,5% con successivo svincolo il tutto però a favore della Ditta Appaltatrice principale.
La segreteria che si occupa delle richieste del DURC mi ha bloccato la pratica in quanto ritiene che la Ditta subappaltarice suddetta risulta inadempiente.
Visto che comunque la Ditta Subappaltatrice è risultata in regola fino alla fine dei lavori e che l'inadempienza è avvenuta solo dopo tale termine, posso comunque emettere il relativo C.R.E. e far approvare la conseguente determina di liquidazione oppure esiste un ITER diverso per escludere la suddetta Ditta Subappaltatrice e poter procedere con il C.R.E. ?