Tassazione Separata e Tassazione Ordinaria : come rimediare ad errore?

Nell'anno 2008 per mero errore materiale ad una dipendente di un'amministrazione pubblica sono stati corrisposti degli emolumenti a tassazione separata, anziche' a tassazione ordinaria.
(Dell'errore si e' venuti a conoscenza solo adesso, dopo tre anni)

L'Amministrazione, resasi conto che c'e' stato un errore come deve agire per riassoggettare l'importo alla corretta tassazione ordinaria prevista per l'anno 2008, scorporandolo dalla tassazione separata? ( E dunque procedere al recupero di diverse migliaia di euro alla dipendente, dal momento che l'aliquota della t.s. era piu' favorevole?)Come fare dal momento che il Cud e il 770 relativi all'anno 2008 furono presentati e consegnati in maniera coerente all'errore effettuato?

Sarebbe utile informare l'Agenzia delle Entrate dell'errore intercorso, chiedendo alla medesima di procedere per le rettifiche conseguenti alla giusta riassegnazione degli imponibili fiscali?

( Si precisa che l'Agenzia delle Entrate aveva inviato alla dipendente una cartella esattoriale richiedendo una differenza circa la corretta aliquota da applicare sugli emolumenti a t.s., dal momento che quella applicata dall'Azienda era inferiore a quella che risultava all'Agenzia sulla base degli imponibili dei due anni precedenti.- La dipendente si e' recata presso la sua azienda per chiarimenti, ed in sede di controllo e' emerso che, per mero errore materiale, erano stati corrisposti a t.s. emolumenti che occorreva assoggetare a tassazione ordinaria.)

grazie

Come sostituto non ne esci poiche' sono comunque anni definiti.
Il consiglio ( extragiudiziale ) e' alla dipendente che pagasse la differenza della tassazione separata evidenziata dalla agenzia delle entrate senza andare a farsi del male.
Nell'errore vi e' corresponsabilita' poiche' anche la dipendente in sede di pagamento non ha ricorso nei termini ed ha accettato la tassazione separata conseguendone ch e' interesse di ditta e dipendente tale soluzione.
Se invece si vuole essere assolutamente corretti si evidenzia il problema alla Agenzia che e' la sola titolata ad accertare la violazione ed ad irrorare le sanzioni conseguenti.

tanto per fare l'avvocato del diavolo.... ora siete sicuri che doveva essere applicata la tassazione ordinaria??